1949年11月，福建省人民政府接办福建省立医学院，改为福建医学院，学制5年。
1951年，除原设的医学本科专业外，增设医学专科（3年制），还附习脚戒设中级抹重卫生教育师资专修班。
到1957年，该院建立基础学科17个教研组，有基础学科教师90人，能按教学大纲开出实验课，同时有一所300张病床的附属合组医院。
1958年，该院从吉祥山迁到八一七中路西洋村新校舍，福州协和医院划为附属医院，还确定福建省立医院、福建省妇幼保健院、福州神经精神病防治院习枣鸦、福州结核病防治院、福州传染病院5所为教学医院，形成了一个教学、医疗、科研功能较为完整的高等医学教育体系。
1959年，为适应卫生预防工作的需要，增设卫生系，招收一届学生后，于1962年停止招生。还曾举办2年制卫生干部专促达促跨修科。1962年，厦门医学院全部学生并入该院。到1965年，学校有教师282人，其中基础学科教师171人，临床学科教师111人，教师中有正副教授和正副主任医师34人、讲师和主治医师85人，在校学生1332人。
中华人民共和国成立后至1965年，共毕业学生3207人、副博士学位研究生2名。该院先后成立放射医学、经络、肿瘤、蛇伤、寄生虫病、创伤、高气压手术治疗、血液病8个研究室（组），取得一定的科研成果，其中“高压氧手术室的建造和临床应用”，只习煮开创了中国高压氧医学的临床备循腊应用和研究。
“文化大革命”中，学校被迫停办，院领导和一大批教职工被批判、斗争，下放农村，学校资产散失严重，停止招生达4年之久，两所附属医院与学校“脱钩”，分成8组，迁到闽西、闽北8个县，破坏极其严重。
1970年，福建医学院奉命与福建中医学院合并，迁到泉州华侨大学校址，华侨大学医学系并入，改为福建医科大学。1970年，开始招试点班学生（2年制）。1971年，筹建附属第一医院，秋季招收3年制医学专业学生。1972年，设医学、中医两系。1975年，在莆田、龙岩两县举办“社来社去”班，学制2年。
1977年秋，开始招收5年制本科学生。1978年6月，中共福建省委决定福建医科大学迁回福州原址；同年11月，中医系分出复办福建中医学院。
1980年，复办卫生系。1982年6月，恢复附属协和医院隶属关系。同年10月，福建医科大学恢复福建医学院原名。1983年10月，原晋江地区第二医院划为附属第二医院。在此期间，还举办3期在职西医学习中医班和其他短期进修班以及中级技术人员班；附设机构有制药厂、印刷厂。1984年，附属第一医院由泉州迁回福州，“福建医学院附属协和医院”正式恢复。
截至2017年5月，学校设有福建医科大学基础医学院、福建医科大学公共卫生学院、福建医科大学医学技术与工程学院、福建医科大学药学院、福建医科大学护理学院、福建医科大学人文学院、福建医科大学口腔医学院、福建医科大学外国语学院、协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、临床教学部、思想政治理论课教学研究部、体育教学研究部、海外教育学院、成人教育学院、继续教育学院等20个学院（部）。
所属院部
专业名称
开设时间
专业名称
开设时间
临床医学部
临床医学
1937年
临床医学（七年）
2001年
临床医学（“5 3”一体化）
2015年
麻醉学
1993年
医学影像学
2000年
公共卫生学院
预防医学
1959年
公共事业管理
2001年
食品质量与安全
2012年
卫生检验与检疫
2013年
口腔医学院
口腔医学
1984年
医学技术与工程学院
医学检验技术
1984年
康复治疗学
2002年
生物医学工程
2001年
医学影像技术
2012年
医学实验技术
2013年
眼视光学
2015年
眼视光医学
2016年
护理学院
护理学
1993年
药学院
药学
2000年
药物制剂
临床药学
2012年
生物制药
2012年
药物分析
2014年
人文学院
社会工作
2002年
应用心理学
外国语学院
英语
基础医学院
基础医学
2012年
生物信息学
2013年
截至2017年5月，学校共有教职医护员工10700多人（含附属医院），其中校本部1200多人。在学校1450名专任教师（含附属医院临床教师）中，具有博士学位占40.21%，硕士学位以上占85.17%，高级职称占68.34%。博士生导师138名，硕士生导师787名。
学校专任教师中有国家“万人计划”百千万领军人才1人，“南丁格尔”奖章获得者1人，国家有突出贡献中青年专家3人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选3人，卫生部有突出贡献中青年专家7人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，全国高校优秀骨干教师1人，享受国务院特殊津贴专家114人，福建省“百人计划”人选8人，福建省“外专百人计划”人选1人，福建省高校领军人才1人，“闽江学者奖励计划”人选19人，福建省杰出人民教师3人，福建省杰出科技人才4人，福建省特支计划人选21人，海西产业人才高地领军人才1人，福建省优秀专家22人，福建省优秀人才6人，“福建省百千万人才工程”人选63人，福建省高校教学名师13人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选52人，福建省高校杰出青年科研人才培育计划29人，福建省高校创新团队6个。
截至2017年5月，学校拥有博士后科研流动站2个（临床医学、基础医学），博士学位授予权一级学科2个，二级学科博士学位授权点（不含一级覆盖）2个；硕士学位授予权一级学科8个，二级学科硕士学位授权点（不含一级覆盖）1个；自主设置目录外博士、硕士学位授权二级学科点各2个；硕士专业学位授予权学科6个。2012年起，国务院学位办批准学校成为全国首批临床医学硕士专业学位“全科医学领域”招生单位之一，于2012年开始招生。
学校拥有国家重点（培育）学科1个，国家临床重点专科10个，省级临床重点专科21个，国家中医药管理局重点专科1个，省中医、中西医结合重点专科1个，省“211工程”重点学科2个，省特色重点学科4个，省级重点学科9个。
根据国际权威机构最新统计，2009年临床医学学科进入ESI排名前1%。
国家重点培育学科
血液病学
------------
--------------
----------
临床医学
护理学
基础医学
药学
福建省省级重点学科
公共卫生与预防医学
中西医结合
口腔医学
公共管理
------------
--------------
----------
血液病学
分子医学
--------------
----------
福建省高等学校重点学科
血液病学
心血管内科学
外科学
病原生物学
耳鼻咽喉科学
神经病学
口腔临床医学
病理学与病理生理学
生物化学与分子生物学
人体解剖与组织胚胎学
资料来源于学校官网
一级学科名称
二级学科名称
二级学科授权时间
二级学科名称
二级学科授权时间
一级学科授权时间
基础医学
人体解剖与组织胚胎学
2011
2011
2011
免疫学
2011
放射医学
2011
病原生物学
2003
航空、航天与航海医学
2011
病理学与病理生理学
2006
临床医学
内科学（血液）
1990
外科学（普外）
2006
2011
内科学（心血管病学）
2003
外科学（骨外）
2006
内科学（消化系病学）
2003
外科学（神外）
2006
内科学（呼吸系病学）
2003
外科学（泌尿外）
2006
内科学（内分泌与代谢病学）
2003
外科学（整形）
2006
内科学（肾脏病学）
2003
外科学（烧伤）
2006
内科学（风湿病学）
2003
外科学（野战外）
2006
2003
妇产科学
2011
儿科学
2011
眼科学
2011
老年医学
2006
耳鼻咽喉科学
2011
神经病学
2003
2011
精神病与精神卫生学
2011
康复医学与理疗学
2011
皮肤病与性病学
2011
运动医学
2011
影像医学与核医学
2011
麻醉学
2011
临床检验诊断学
2011
急诊医学
2011
外科学（胸心外）
1998
重症医学
2013
口腔临床医学
2006
2003
一级学科名称
二级学科名称
二级学科授权时间
二级学科名称
二级学科授权时间
一级学科授权时间
植物学
2011
2006
2011
动物学
2011
发育生物学
2011
生理学
2003
细胞生物学
2000
水生生物学
2011
生物化学与分子生物学
1998
微生物学
2011
生物物理学
2011
神经生物学
2000
生态学
2011
基础医学
人体解剖与组织胚胎学
1986
2006
免疫学
1996
放射医学
病原生物学
1986
航空、航天与航海医学
病理学与病理生理学
1981
临床医学
内科学（血液）
1986
外科学（普外）
1986
2006
内科学（心血管病学）
1990
外科学（骨外）
1996
内科学（消化系病学）
1996
外科学（神外）
1998
内科学（呼吸系病学）
2000
外科学（泌尿外）
1996
内科学（内分泌与代谢病学）
1990
外科学（整形）
2000
内科学（肾脏病学）
2000
外科学（烧伤）
2000
内科学（风湿病学）
2000
外科学（野战外）
2000
2000
妇产科学
1986
儿科学
1986
眼科学
1998
老年医学
1998
耳鼻咽喉科学
1986
神经病学
1986
1996
精神病与精神卫生学
2006
康复医学与理疗学
2006
皮肤病与性病学
2006
运动医学
2006
影像医学与核医学
1998
麻醉学
1993
临床检验诊断学
1993
急诊医学
2006
外科学（胸心外）
1986
重症医学
2013
口腔医学
口腔基础医学
2011
口腔临床医学
1998
2011
公共卫生与预防医学
1998
儿少卫生与妇幼保健学
2006
2006
劳动卫生与环境卫生学
2003
卫生毒理学
2000
营养与食品卫生学
2003
军事预防医学
2006
中西医结合
中西医结合基础
2011
中西医结合临床
2003
2011
药学
药物化学
2006
药物分析学
2003
2006
药剂学
2006
微生物与生化药学
2003
生药学
2006
1984
护理学
护理学
2003
2011
公共管理
社会医学与卫生事业管理
2003
种类名称
学科方向名称
授权时间
临床医学硕士
内科学（血液）
皮肤病与性病学
妇产科学
1998
内科学（心血管病学）
影像医学与核医学
眼科学
内科学（消化系病学）
临床检验诊断学
耳鼻咽喉科学
内科学（呼吸系病学）
外科学（胸心外）
内科学（内分泌与代谢病学）
外科学（普外）
康复医学与理疗学
内科学（肾脏病学）
外科学（骨外）
运动医学
内科学（风湿病学）
外科学（神外）
麻醉学
外科学（泌尿外）
急诊医学
儿科学
外科学（整形）
全科医学领域
老年医学
外科学（烧伤）
精神病与精神卫生学
神经病学
外科学（野战外）
口腔医学硕士
口腔基础医学
口腔临床医学
2003
公共卫生硕士
营养与食品卫生学
卫生毒理学
2010
劳动卫生与环境卫生学
儿少卫生与妇幼保健学
军事预防医学
药学硕士
药物化学
生药学
微生物与生化药学
2010
药剂学
药物分析学
护理硕士
护理学
2010
应用心理硕士
2014
截至2017年5月，学校拥有国家级特色专业4个，教学成果奖3项，实验教学示范中心2个，人才培养模式创新实验区、专业综合改革试点、教学团队、卓越医生教育培养计划、大学生校外实践教育基地等5个，精品视频公开课、精品资源共享课、精品课程等3门。
学校共获批省级教学成果奖35项，特色专业8个，专业综合改革试点7个，服务产业特色专业4个，创新创业教育改革试点专业3个，应用型人才培养专业群3个，人才培养模式创新实验区8个，实验教学示范中心13个，虚拟仿真实验教学中心1个，教学团队9个，大学生校外实践教育基地8个，精品资源共享课6门，精品在线开放课程3门，精品课程37门。
学校拥有福建省研究生教育创新基地11个，福建省专业学位研究生联合培养示范基地3个。学校设有直属附属医院5所，非直属附属医院14所（含临床医学院2所），临床教学医院24所，专业实践教学基地58个。
国家级特色专业（4个）：药学、临床医学、基础医学、护理学。
福建省特色专业（8个）：应用心理学、医学检验、社会工作、临床医学、口腔医学、药学、护理学、预防医学。
国家级专业综合改革试点（1个）：护理学。
福建省专业综合改革试点（7个）：临床医学、药学、预防医学、口腔医学、医学检验、应用心理学。
国家级教学团队（1个）：人文护理学教学团队。
福建省教学团队（9个）：组织与胚胎学教学团队、人体解剖学教学团队、内科学教学团队、眼视光学教学团队、毒理学教学团队、流行病与卫生统计学教学团队、病理学教学团队、人文护理学教学团队、药理学教学团队。
国家级精品课程（1门）：护理管理学。
福建省精品课程（37门）：护理学基础、卫生统计学、药物化学、口腔颌面外科学、劳动卫生与职业病学、卫生化学、机能学、急救护理学、临床免疫学和免疫学检验、实验诊断学、牙周病学、营养与食品卫生学、预防口腔医学、预防医学基础实验、分析化学、口腔修复学、临床血液学及血液检验、流行病学、内科护理学、外科护理学、外科学、医学微生物学、组织学与胚胎学、儿科学、护理管理学、生理学、卫生毒理学、行政管理学、生物化学、眼科学、药物分析、耳鼻咽喉科学、神经病学、药理学、内科学、人体解剖学、病理学。
国家级实验教学示范中心（2个）：公共卫生与预防医学实验教学中心、护理学实验教学中心。
福建省实验教学示范中心（13个）：计算机基础与医学应用实验教学示范中心、生物信息学专业实验教学中心、公共卫生与预防医学实验教学中心、基础医学专业实验教学中心、心理与行为实验教学中心、药学专业技能实验教学中心、口腔医学实验教学中心、医学技术实验教学中心、护理学实验教学中心、临床技能教学中心、药学实验教学中心、基础医学实验教学示范中心、预防医学实验教学示范中心。
福建省虚拟仿真实验教学中心（1个）：口腔医学虚拟仿真实验教学中心。
国家级人才培养模式创新实验区（1个）：护理学人才培养模式创新实验区。
福建省人才培养模式创新实验区（8个）：应用麻醉学人才培养模式创新实验区、应用型社会工作人才培养模式创新实验区、“三段式实践型”口腔医学人才培养模式、应用型临床医学人才培养模式创新实验区、复合型医学检验人才培养模式创新实验区、护理学人才培养模式创新实验区、预防医学人才培养模式创新实验区、“应用型”药学人才培养模式创新实验区。
2011年至2017年5月，学校共获科研经费总量达7亿元，获各类科技项目2800多项，发表SCI收录论文3300多篇，获授权国家专利124件，获省科技奖36项，其中科技进步一等奖3项、二等奖14项,获省第十届社会科学优秀成果三等奖1项，获中华医学科技奖二等奖1项、三等奖2项，获福建医学科技奖68项，其中一等奖7项、二等奖21项,获省紫金科技创新奖5项，获省运盛青年科技奖7项。获得霍英东教育基金会高等院校青年教师奖1项。
截至2017年5月，学校拥有4个院士工作站。拥有肿瘤免疫药物开发国家地方联合工程研究中心，福建省唯一的新药安全性评价中心。拥有教育部重点实验室1个，省级重点实验室7个，省“2011协同创新中心”2个，省级工程研究中心1个，省级工程技术研究中心2个，闽台科技合作基地1个，省高校重点实验室9个。
学校还建有福建省创新抗体药物技术重大研发平台、福建省CAR-T细胞免疫治疗技术创新平台、福建省皮肤病性病防治研究所、福建省消化系疾病研究室、福建省血液病研究所、福建省高血压研究所、福建省生殖医学工程中心、福建省分子医学研究中心、福建省眼科研究所、福建省内分泌研究所、福建省腹部外科研究所、福建省神经病学研究所、福建省肝胆外科研究所、福建省耳鼻咽喉研究所、福建省胸心外科研究所、福建省老年医学研究所、福建省临床免疫研究所、福建省烧伤研究所、福建省骨科研究所、福建省超声医学研究所、福建省冠心病研究所、福建省神经外科研究所、福建省肝病科学研究中心、福建省食品安全风险研究中心等省级科研平台。
教育部重点实验室（1个）：省部共建消化道恶性肿瘤教育部重点实验室。
福建省重点实验室（7个）：福建省血液病学重点实验室、福建省天然药物药理学重点实验室、福建省分子神经病学重点实验室、福建省肿瘤个体化主动免疫治疗重点实验室、福建省肿瘤微生物学重点实验室、福建省癌症和神经退行性疾病转化研究重点实验室、福建省环境因素与肿瘤重点实验。
福建省工程技术研究中心（2个）：福建省老年眼病与视觉工程技术研究中心、福建省口腔生物材料工程技术研究中心。
福建省“2011协同创新中心”（2个）：福建省干细胞转化医学2011协同创新中心、海西免疫治疗产学研协同创新中心。
福建省高校重点实验室（9个）：感染与肿瘤福建省高校重点实验室、干细胞工程与再生医学福建省高校重点实验室、天然药物药理学福建省高校重点实验室、脑老化与神经变性疾病福建省高校重点实验室、口腔医学福建省高校重点实验室、放射生物福建省高校重点实验室、环境与健康福建省高校重点实验室、医学生物信息学福建省高校重点实验室、纳米医药技术福建省高校重点实验室。
学术刊物
学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等。
《福建医科大学学报》创刊于1959年，是医药卫生综合类学术期刊，国内外公开发行，被《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《万方数据-数字化期刊群》、《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》等重要数据库和文摘期刊收录。
《福建医科大学学报（社会科学版》前身为创办于1983年的《高等医学教育研究》半年刊，内部发行。学报已被《中国期刊网》《中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国学术期刊（光盘版）》《中国学术期刊综合评价数据库》《中文科技期刊数据库》《万方数据——数字化期刊群）》《中国核心期刊（遴选）数据库》等数据库全文收录。
《中华高血压杂志》创刊于1993年，由中华预防医学会、福建医科大学主办，福建医科大学附属第一医院承办，为中华预防医学会系列杂志，高血压联盟（中国）学术期刊，是中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国科技引文数据库收录期刊、中国科学评价中心核心学术期刊、中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊、中国医学核心期刊、美国《化学文摘》收录期刊、WHO西太平洋地区医学索引数据库收录期刊。
馆藏资源
截至2016年12月，福建医科大学图书馆藏有纸质图书总量121.59万册，电子图书726.09万种，其中中文电子图书696.63万种，外文电子图书29.46万种。校本部图书馆1991年4月被国家卫生部教育司确定为全国医学图书馆文献资源共享网络系统省级中心馆。
截至2016年8月，图书馆正式购买（含自建）数据库共43个，其中包含CNKI、万方、维普等中文数据库25个，OVID平台LWW全文期刊、EBMR、BP、FMRS、牛津、海量外文图书等外文数据库18个。数据存储容量总计近60T。
姓名
任职时间
侯宗濂
1937.6～1943.2
李鼎勋
1943.2～1946.7
刘建绪
1946.7～1946.11
黄震亚
1946.11～1954.7
黄开云
1954.7～1957.7
浦敬诠
1957.7～1965.10，1978.10～1983.12
邹宁生
1983.12～1986.9
殷凤峙
1986.9～1992.7
康仲涵
1993.9～1997.8
陈丽英
1997.8～2002.9
陈元仲
2002.9～2018.11
校标
校标图案说明
校标图案主体由字母“M”、蛇杖和阿拉伯数字“1937”等基本元素组合构成。图案呈圆形，图案内圆上弧为书法家舒同先生手写的中文校名，下弧是福建医科大学英文全称。
校标设计元素涵义
1、元素1为变化后的蛇杖造型，又形似DNA双螺旋结构，体现现代医学属性。
2、元素2取自汉语拼音“Mǐn（闽）”和英文“Medical（医学）”首个字母“M”，又似打开的书籍，体现高等教育属性。
3、元素3形似汉字“闽”（福建），体现学校地域属性。
4、1937为建校时间，体现历史年代属性。
校训
勤奋、严谨、求实、创新
校歌
青春医大、和谐医大
作词：黄锦萍作曲：卢荣昱
歌词：
告诉你一个我们、我们的向往；
选择了医学就选择了健康向上；
恪守医德、不负生命相托；
救死扶伤责任重于、重于泰山；
啊！青春医大、和谐医大；
医学高峰从这里开始登攀；
勤奋、严谨、求实、创新；
铿锵誓言在校园里、校园里回响；
告诉你一个我们、我们的信念；
选择了医学就表白了奉献的志愿；
跨越式发展取得累累硕果；
人才基地培养祖国栋梁；
啊！青春医大、和谐医大；
万千学子在这里奋力扬帆；
勤奋、严谨、求实、创新；
灿烂未来向我们向我们召唤！
